Die besten Progrämmchen hat der liebe Laubi ja schon aufgezählt, aber ich gebe einfach nochmal ein paar kurze Erläuterungen zu einzelnen Apps, die m.E. wirklich unersetzlich sind.
CallID und SMSD
Standardmäßig ist es mit dem Iphone leider kaum möglich, einzelne SMS oder einzelne Anrufe aus den Ruflisten zu entfernen. Diese beiden Programme bieten hier Abhilfe.
Customize
Je nach Nutzungsgewohnheit ist wohl notwendig, die Anordnung der Symbole auf dem Springboard (heißt das Ding so?) anzupassen. Das kann dieses Progamm. Weiterhin kann man das Aussehen von verschiedenen Symbolen verändern.
Summerboard
Mit diesem Programm kann man ergänzend zu Customize das Springboard mit einem anderen Wallpaper versehen. Eine ganze Reihe neuer Themes werden im Installer als eigene Kategorie angeboten.
ToDoList
Wohl ein unverzichtbares Tool, wenn man das iPhone als Business-Gerät nutzen will. Nur diesen alberne Teufelchen-Symbol geht nun wirklich garnicht... 
Services
Alle Datenverbindungen schnell ab- und wieder einschalten. Auch EDGE ist abschaltbar, was standardmäßig nicht möglich ist.
iRadio
Tausende Radioprogramme sortiert nach so ziemlich allen Stilrichtungen. In die Dockingstation gesteckt und mit den Aktivboxen verbunden möchte ich dieses Progrämmchen nicht mehr missen...
So weit erstmal, Liste wird aber sicherlich noch ergänzt...
Grüße
Christian