Es liegt am Zusammenspiel der einzelnen Geräte :).
Fall a (Tel/Fax):
Die Fritzbox bekommt einen Anruf auf der Nummer 4711. Im internen Rufnummernplan ist der 4711 das ISDN-Telefon und das Fax zugewiesen. Das Fax greift sich den Anruf und produziert ein Pseudoklingeln. Das ISDN-Telefon klingelt nicht, weil die Fritzbox denkt "Ah, der analoge Teilnehmer hat das Gespräch angenommen".
Fall b (manuell):
Die Fritzbox bekommt einen Anruf auf der Nummer 4711. Im internen Rufnummernplan ist der 4711 das ISDN-Telefon und das Fax zugewiesen. Das ISDN-Telefon klingelt, du hebst ab. Die Fritzbox denkt "Spitze, der digitale Teilnehmer hat das Gespräch angenommen". Das Faxgerät hört in diesem Moment schon gar nichts mehr von dem Gespräch.
Lösung: Das Faxgerät auf manuell lassen und dich schlau machen, ob die Fritzbox internes Weiterverbinden unterstützt. Nehmen wir mal an, das Umleiten auf Fax würde mit *1# realisiert, dann würdest du am ISDN-Telefon das Gespräch annehmen, feststellen dass es ein Fax ist, weil es dir wunderschön ins Ohr piept und dann *1# ins Gespräch drücken. Die Fritzbox würde dann weiterverbinden an den analogen Teilnehmer und das Fax würde das Fax annehmen.
Aufgabe für dich: Prüfen, ob man ein Gespräch von ISDN-Aschluss auf analog umleiten kann in der Fritzbox 
Gruß,
Veit