Da fällt mir auch sofort als Basis XT-Commerce ein, damit haben wir bei vielen Kunden Shops realisiert, man kann extrem viel modifizieren und einstellen und natürlich auch die vorgegebenen Dinge. Nicht zuletzt bieten auch viele WaWi Programme die passende Schnittstelle zu XTC, ebenso gibts es viele Add-Ons/Mods.
Es gibt auch ne Abwandlung vom gewöhnlichen XT-Commerce die ich fast noch besser finde (ist aber im Endeffekt von der Basis her identisch): http://www.xtc-modified.org.
Andere Alternative wäre Magento, aber das ist mit Kanonen auf Spatzen geschossen, hier mussten wir feststellen, dass man am Ende bei Magento doch eher nen eigenen Server nutzen sollte, da der recht viel CPU Load erzeugt hat.