Um mal ein bisschen die Verwirrung zu unterstützen: Du vergleichst Äpfel mit Birnen. 
Das eine ist der Status, mit dem du in dem Unternehmen arbeitest (Studentische Hilfskraft), das andere ist der Vertragstyp (Werksvertrag).
Man kann beides gleichzeitig sein: Eine studentische Hilfskraft mit Werkvertrag.
Ob es auf die Beschreibung im Lebenslauf ankjommt, ist denke ich abhängig vom Personalchef (bzw. PRaktikanten), der die Bewerbungsunterlagen sondiert. Der eine wird sich wundern, warum ein Werkvertrag nur so kurz war (rausgeschmissen?), andere widerum werden vielleicht unter dem Begriff Hilfskraft das verstehen, was der Name ein wenig impliziert: Unselbstständige Arbeit, wenngleich das wirklich nicht der Fall ist.
Wünschenswert wäre es, wenn du ein qualifiziertes Arbeitszeugnis beilegst, und selbst das ist keine Garantie, dass jeder deinen Einsatz gleich bewertet. Wenn man dann noch bedenkt, dass man meist einer von 100 Bewerbern ist, dann merkt man, dass ich eine sehr normative Sicht auf ein gutes einstellungsprozedere habe. Im Grunde genommen entscheidet doch eh das Bild.

Ohne dich jemals gesehen zu haben - warum machst du dir solche Sorgen? 
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Eins noch:
Zitat
Aber mal als Neugierd: Was ist denn der Unterschied zwischen einem Werkvertrag und einer Einstellung als Werkstudent, Hiwi oder freier Mitarbeiter?
Ähm, du zitierst Wikipedia, fragst dann aber noch sowas? Hm.. Glaub mir, ich hab einen hohen Stundenlohn.. Such lieber selbst! 
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