Warum eine generelle Reservierungskostenlosigkeit kontraproduktiv wäre hast du ja bereits dargestellt. Mangels entgegenstehender Kosten ist's egal, ob jemand für €29 verreist oder für €290, allein die Zugbindung auf dem Fahrschein entscheidet über die Inklusivität der Reservierung.
Wem die Ungebundenheit des €290-Fahrscheins wichtiger ist als dessen Kosten, den ein paar Euro Reservierungsgebühr nach Entschlussfassung auch nicht stören. Da diese Fahrscheine in der Regel oft erst direkt vor Reiseantritt erworben werden könnte man auch eine Reservierung für die nächste, abgehende Verbindung mit auf den Weg geben.
Der Umgang mit Inhabern von Strecken- oder Netzdauerfahrscheinen wäre dabei noch das schwierigste. Einerseits will man nicht ausgerechnet seine besten Kunden vor den Kopf stossen, andererseits kann man nicht ausgerechnet den Profikunden unbegrenzte Kostenlosreservierungen überlassen, denn dann würden natürlich versucht werden alle Züge im täglichen Berufsverkehr mehrfach zu überbuchen, falls man einen Zug verpasst oder mal etwas später aufsteht. Zum einen könnte es wahlweise zuggebundene Dauerfahrscheine geben, zum anderen könnte man ein bestimmtes Reservierungskontingent (maximal 1 pro Tag und Richtung) einräumen. Gleichzeitig sollte es aber weniger Hin- und Rückreservierungen als Arbeitstage sein, um Blindreservierungen, die sich dann auch noch auf erfahrungsgemäß hoch ausgelastete Züge konzentrieren würden zu vermeiden. Das wäre auf jeden Fall einigermaßen kompliziert und würde trotzdem Unmut hervorrufen. Eine Lösung wäre eine stark preisreduzierte, aber eben nicht kostenfreie Reservierungsmöglichkeit für solche Berufspendler.
Oder man verfährt ganz einfach nach den Grundsätzen "Zugbindung->Platzreservierung", "Platzreservierung->Zugbindung" (bei erstmal ungebundenen Normalpreis- und Dauerfahrscheinen) und "keine Zugbindung->auf Wunsch kostenpflichtige Reservierungsmöglichkeit". Ja, ich glaube, daß das die einzige vernünftige, überschaubare, vermittelbare und gerechte Lösung wäre.