Da ich mehr oder minder entfernt jeden Tag damit zu tun habe...
Es schaut so aus, auf die MwSt hast du nur dann ein Anrecht, wenn du diese auch zahlen mußtest! Läßt du das Fahrzeug also nicht reparieren, so hast du diese Kosten in der Regel ja auch nicht gehabt, somit also auch kein Anspruch darauf! Ich denke das ist auch eine absolut normale Regelung!
Ohne jemanden angreifen zu wollen, wenn es um das Fahrzeug nach einem Unfall geht, hat der Geschädigte in der Regel Dollarnoten in den Augen! Es ist vielen Kunden einfach nicht zu vermitteln das man kein Recht auf etwas hat, was nie angefallen ist! Leider!
Allerdings, du bist nicht verpflichtet das Fahrzeug in der Firma reparieren zu lassen wo das Gutachten erstellt wurde! Um an die ganze Summe zu kommen reicht in der Regel ein Reparaturnachweis! Entweder sendest du Bilder vom reparierten Fahrzeug an die Versicherung oder läßt, was eigentlich gängig ist, von dem Gutachter einen Reparaturnachweis erbringen. Heißt du fährst beim Gutachter mit dem reparierten Wagen vorbei und zeigst quasi somit den reparierten Schaden an. Wir bieten z. Bsp. diesen Service an allen unseren Standorten an, viele kleiner Büros aber nicht! Dies könntest du aber im gegebenen Fall durch ein Telefonat in Erfahrung bringen. In der Regel bezahlt die Versicherung dann den Ganzen Schaden! Das einzige was passieren kann, ist das die Versicherung die Reparaturkosten senkt, wenn im Gutachten die werkstatteigenen Verrechnungssätze stehen und diese über dem Durchschnitt liegen. Dies ist übrigens legitim, genau wie das Streichen der MwSt! Schließlich sind die Versicherungen ja auch nicht blöde und wissen, dass man sich eine günstigere Firma gesucht hat, um Kostenminimierung zu betreiben oder aber es selber, bzw. durch Freunde hat reparieren lassen! 
Übrigens eine Rechnung einzureichen kann die Versicherung nicht verlangen, eine Rechnung ist kein Reparaturnachweis! Wenn ich mit gebrauchten Teilen repariere ist das schließlich mein eigenes Vergnügen! Denn häufig versucht die Versicherung dann nur noch die Kosten auf der Rechnung zu begleichen! Wobei dies natürlich rechtlich auch legitim ist, allerdings der Gewinnmaximierung des Unfallgeschädigten entgegen steht!
etwas OT aber geht ebenfalls in die Richtung:
Das erinnert mich das an einen Fall von letzter Woche, der unter „Dinge die ich nicht nachvollziehen kann“ fällt! Leute kaufen ohne Ahnung ein Fahrzeug, weil es Ihnen zum Durchschnitt der restlichen, gleichen, angebotenen Fahrzeuge sehr günstig vorkommt oder auch einfach nur weil ein neues her muß! Geben zigtausende von Euro aus und ärgern sich kurz darauf darüber dass das Fahrzeug Mängel hat oder öfter auch schon mal nicht verkehrsicher ist! Das ein Gebrauchtwagencheck durch verschiedene Organisationen (GTÜ, TÜV, DEKRA, ADAC, KÜS) für um die 30 Euro möglich ist, scheinen viele nicht zu wissen, oder aber für hinausgeworfenes Geld zu halten, weil ja fast jeder Deutsche (so scheint es uns in der Firma all zu häufig) ein Spezialist in fahrzeugtechnischen Fragen/Dingen ist! Im Vergleich zu der Gesamtsumme eines neuen Fahrzeuges erschreckend gering, günstiger wie einen AU oder Hauptuntersuchung und spart viel Ärger! Für die Organisationen übrigens kein Geschäft für diesen Preis ein Fahrzeug durchzuchecken, falls dies jetzt jemand meint!
Grüße
visioneer