Hmmm... kenn mich da auch nicht sooo gut aus, aber es klingt danach, als würde Powerpoint nicht die Files einfügen, sondern lediglich Verknüpfungen zu den Files auf ihrer Festplatte. Wie habt ihr die denn eingefügt? Mit "Einfügen -> Film & Sound"?
Anderer Weg (hiermit wird die File in die Präsentation eingefügt, sollte man auch anhand der Größe der Powerpoint File erkennen):
Einfügen -> Objekt -> Neu erstellen -> Wavesound
Dann im "Audioobjekt in Präsentation"-Fenster auf
Bearbeiten -> Datei einfügen -> Wavesound wählen
damit sollte es gehen. Auf die schnelle fällt mir leider nichts besseres ein, da sie so leider in den Animationseinstellungen die Wavesounds neu einreihen muß afair. Evtl. geht es auch über Einfügen -> Objekt -> Aus Datei (kein Häkchen bei "Verknüpfung" setzen - schließlich wollen wir genau das vermeiden), aber da kann es evtl. Probleme mit der Erstellung der Animationseinstellungen geben. 
Off-Topic: Kenn solche Geschichten ehrlich gesagt hauptsächlich von Adobe Pagemaker / Illustrator, wo man "Objekte" (i.d.R. Bilder) als Verknüpfung einfügen kann - praktischer Nutzen: Wenn das Bild bearbeitet / geändert wird, ändert sich natürlich auch das Bild in dem Textdokument. Außerdem lässt sich so die Größe der Pagemaker Datei schön klein halten. Allerdings kann man dann beim speichern auch angeben, ob es mit Verknüpfungen oder mit den Bildern eingebunden gespeichert werden kann und es gibt ein schönes Übersichtsmenü über alle eingefügten Objekte mit Verknüpfungspfad und Seitenangabe im Textdokument. 