Im MBR steht meines Wissens nach nichts ueber das Layout der Platte. Wenn du experimentieren willst: Linux booten und MBR mit dd sichern, dann kannst du immer wieder problemlos auf den aktuellen Stand zurueck.
Ich vermute aber eher mal, dass die Probleme bei dieser wundersamen Software liegen. Was macht die denn tolles? Ist das Schlangenoel oder steckt da ein echter Nutzen dahinter? Unter welchem OS laesst du sie laufen? Evtl. hat auch das Betriebssystem ne Macke...
MBR neu schreiben ging uebrigends schon unter DOS mittels "fdisk /mbr", duerfte auch heute noch unter Windows so funktionieren.